按照“创建单位申请，县级农业部门审核，省级农业行政主管部门复核，农业部审定”的程序进行申报。
1）申请。
申报主体提出申请，填写“美丽乡村”创建申请表。申报主体是村的，申请表须加盖村民委员会公章；申报主体是乡（镇）的，须加盖乡（镇）人民政府公章。
2）审核。
县级农业行政主管部门对申报主体的申请表进行审核，并以正式文件一式三份报省（区、市）农业行政主管部门。
3）复核。
省（区、市）农业行政主管部门依据农业部“美丽乡村”创建活动相关规定和要求，并结合本省（区、市）实际对材料进行复核，统筹确定本省申报对象并报送农业部。申报文件应附申报单位汇总表和创建主体申请表。
4）评定。
农业部组织专家对各省（区、市）申报材料进行审核，研究确定“美丽乡村”创建单位，并以适当方式向社会公布。