1）承包地退出缺乏层次。
在政绩驱动下有试点区强制推行“组合退出”的退地方式。但我国人口城镇化滞后于人口非农化，农民市民化将会是一个长期的过程，如果一旦发生大量的农户进城失败，而这些完全、彻底退出土地的农户因无法回到农村而滞留在城市而导致大片城市贫民窟的出现，进而引发更大的社会纷争。
2）过分强调产权明晰。
土地产权碎片化不仅会抬高有意承包退出土地的农业经营主体的交易费用，也使得集体土地的监督管理陷入困境而引发“反公地悲剧”。
3）补偿标准不合理。
农村土地承包经营权退出补偿标准多是在参考各地的征地补偿及土地流转价格的基础上来确定的。这种内在价值的评估方式不仅无法彰显土地的市场价值，也不能体现土地资本要素属性，使得农户获利较少，难以引起农户退出土地的兴趣。
4）农民参与度不足。
现阶段农村土地承包经营权退出多是由政府或者集体主导，这个过程不仅缺乏市场机制的参与，也没有体现出农民的本位作用，是典型的“强制性制度变迁”。