1）农业低碳技术应用困难
主要受两方面的影响，一方面是科研机构创新能力弱、研发实力不足。另一方面是我国农民平均年龄逐渐增高、受教育程度相对于发达国家还普遍较低、低碳推广培训教育渠道单一、采用先进的低碳技术使生产成本增高以及低碳技术应用政策环境不明朗。以上两方面的原因共同阻碍了农业低碳技术的应用和推广。
2）农业发展结构不合理
我国农业结构不合理主要表现在资源利用粗放、生态环境问题突出两个方面。究其原因主要有以下三点：
一是种养发展相互脱节。因种养业失衡，必造成资源要素无法形成链条，无法实现以种带养、以养带消和粪肥还田的能源循环，可能带来养殖场的畜禽粪污无法就地消纳、秸秆焚烧成灾的环境污染和资源浪费。
二是生产投入效率不高，污染严重。以投入品化肥为例，我国当前化肥单位面积施用量已经超过国际公认标准的1.9倍，造成严重的土地矿化和地下水污染，与此同时有数据表明我国劳动生产率只有国际水平的47％左右。
三是我国“北粮南运”愈加显著，说明农业布局没有充分整合利用农业资源，当前的布局未充分发挥南方的水资源优势，却对北方本已紧缺的水资源带来了更大的压力。
3）亟待生产高质量、高竞争力的农产品
我国农产品质量不高、竞争力不足，已成为农业发展的短板。农产品质量不高主要体现在种植过程缺少绿色生产理念的科学指导，生产了大量农药超标的农产品，同时农产品加工技术滞后，深加工不足。而农产品竞争力不足则体现为在国内粮食产量高、库存高的情况下，我国还需进口大量的粮食，粮食“三高”矛盾突出。另外我国农产品受国际“绿色壁垒”限制、自身缺乏国际知名品牌以及国际低价农产品的冲击，这些共同影响我国农产品的进出口贸易。